发酵罐壁上的污垢是无机物和有机物的混合物，很难用单一清洗剂清洗。如果发酵罐的清洗只使用苛性钠，它只起到去除有机物的作用。只有当清洗温度达到80℃以上，才能有更好的清洗效果；清洗时使用单一硝酸进行清洗，对无机物质有一定的作用，对有机物几乎无效。因此，发酵罐清洗需要碱性清洗液和酸性清洗液。发酵罐先清洗干净后再杀菌消毒。罐体内脏物被地清洗干净才算是有效杀菌。
　　CIP运行方式及其对清洗效果的影响现代化啤酒厂采用zui普遍的清洗方式是原位清洗(cleaninginplace，简称CIP)，即在密闭条件下，不拆动设备的零部件或管件，对设备及管路进行清洗及灭菌的方法。像发酵罐这样的大容器，不可能用充满清洗液的方式清洗。发酵罐的原位清洗是通过洗涤器循环进行的。洗涤器有固定洗球型和旋转喷射型两种型式，通过洗涤器把清洗液喷射到罐体内表面，然后清洗液沿罐壁向下流淌，一般情况下，清洗液会形成一层薄膜附着在罐壁上。这样机械作用的效果很小，清洗效果主要靠清洗剂的化学作用来实现。