离子色谱柱管内填有颗粒大小均匀的固定相，一般商品化离子色谱柱填料主要用5~15μm颗粒的高分子聚合物小球，特定场合下也采用无机氧化物（如硅胶）颗粒，目前离子色谱柱所用填料的颗粒主要为球形，而针对填料表面结构性质（孔隙的大小），填料可以分离微孔型、大孔型和超孔型，随着离子色谱应用于复杂样品越来越多，对离子色谱柱的交换容量要求也越来越高，超孔型填料也是离子色谱的一个发展趋势。
　　离子色谱柱注意事项：
　　（1）H柱、Ag柱及Ag/H柱均；
　　（2）Ag柱使用时须与H柱结合使用，效果更佳；
　　（3）Ag柱及Ag/H柱用于除去样品溶液中的氯离子，当小柱吸附氯离子后，吸附氯离子的填料部分会变成黑色的，当填料黑色延伸至2/3处时，不建议重复使用。重复使用间隔时间，用一次性注射器抽取20mL去离子水,以2~4mL/min流速推过小柱，进行清洗，以避免交叉污染。
　　（4）活化清洗小柱时，务必保证由注射器向小柱垂直推入液体，且必须静置20min。
　　离子色谱柱工作流程：高压将流动相以稳定的流速（或压力）输送至分析体系，在 色谱柱之前通过 进样器将样品导入，流动相将样品带入色谱柱，在色谱柱中各组分被分离，并依次随流动相流至 检测器。抑制型离子色谱则在电导检测器之前增加一个抑制系统，即用另一个高压将再生液输送到抑制器。在抑制器中，流动相背景电导被降低，然后将流动出物导入电导池，检测到的信号送至数据处理系统记录、处理或保存。非抑制型离子色谱仪不用抑制器和输送再生液的高压泵，因此离子色谱柱结构相对比较简单，价格也相对比较便宜。