氨基柱在含水量多的情况下是很不稳定的。也不宜在强酸的环境下使用。用的是缓冲液则先用水/乙腈清洗再用乙腈，氨基柱其本质属于正相柱，使用氨基柱除了采用正相系统作为流动相以外，一般还采用乙腈-水作为流动相，但是要求乙腈的含量不得低于80%，含水过多的流动相对氨基柱有损害，一般尽量不要用含水过多流动相。建议用小流速的异丙醇冲洗过夜试试。氨基柱是同时可以用于正相条件和反相条件的，这一点很多用户都已经知道；但是要注意到的是：正相溶剂和反相溶剂往往是不互溶的，对这一点的忽略可能会带给使用者一些麻烦。NH2柱是在硅胶上键合一个5碳NH2;CN柱是在硅胶上键合一个5碳CN基;NH2.CN都为两相柱。
氨基柱的清洗：
简单说起来，正相条件下使用的氨基柱参照硅胶柱的清洗方法；反相条件下使用的氨基柱参照C18的清洗方法。
（1）平时在正相条件下使用：
首先用50倍柱体积的异丙醇清洗，因异丙醇粘度较大需适当放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用异丙醇过渡回到平常使用的正相流动相，即可。
（2）平时在反相条件下使用：
缓冲盐应及时冲洗，不能直接用纯甲醇冲洗缓冲盐等，属常识就不作特别交待。
用50倍纯甲醇冲洗；之后，用异丙醇过渡后，用二氯甲烷冲洗色谱柱；之后，再用异丙醇过渡回来到甲醇条件下。
这些清洗方法，主要是针对当样品中有杂质逐步吸附累积到填料上时的处理方法，色谱柱表现行为为诸如柱压增高柱效降低等。
有一种情况是，当使用氨基柱进行酸性物质的分析时，酸性物质的存在意味着质子的存在，可能会使略带负电荷的氨基官能团质子化，导致使用一段时间后对于某些类的分析物保留性质有所改变或表现在柱效下降。建议：用5-10倍的柱体积的含0.5-1.0％NH3的乙腈-水(50:50)溶液冲洗该柱（冲洗后当然要再用不含碱的流动相洗去多余氨），之后再进行分析这类酸性分析物时建议在流动相中略微添加少许氨如0.1％。
