在反渗透系统停运后再次开机时，对于已经采取添加停用保护药剂的系统，应该将这些保护药剂排放出来，然后再通过不带压冲洗把这些保护药剂冲洗干净，最后再启动系统。对于没有采取添加停用保护药剂的系统，此时系统中一般是充满水的状态，但这些水已经在系统中存了一定的时间，此时也用不带压冲洗的方法把这些水排出后再开机为好。

有时，系统中的水不是在充满状态，此时必须通过不带压冲洗的方法排净空气，如果不排净空气，就容易产生“水锤”的现象而损坏膜元件。正常运行后观察反渗透装置的产水流量及工作压力、电导率等来判断反渗透膜是否污堵，根据产水流量及浓水流量来判断产水量是否能达到所设计的标准，工作压力通常在8-11kg都属正常现象，产纯水电导率是否达到用水要求，通常以上几点都能初步判断出反渗透膜是否有污堵现象。

而污堵之后如若不及时用化学药剂清洗，会造成反渗透膜的污堵越来越严重，最后导至反渗透膜报废，当然就算是清洗，也不能清洗得过于频繁，这也很容易造成反渗透膜穿孔。穿孔之后不管如何清洗都不会有任何效果。洗膜的药剂酸和碱，酸包括：柠檬酸、草酸等等，碱包括：*等等

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