真空冷冻干燥机开机后将物料投入物料箱内进行冷冻，物料的冷冻过程，一方面是真空系统进行抽真空把一部分水份带走；另一方面是物料受冻时把某些分子中所含水份排到物料的表面冻结，达到冷冻要求后，由加热系统对物料加热干燥，通过抽真空把物料中所含的水份带到冷冻捕集箱结冻，达到物料冷冻干燥要求。
冷冻干燥机的几大关键指标：
1.极限压力：医药冷冻干燥机为2-3Pa，食品冷冻干燥机为5-15Pa。
2.抽真空时间：从大气压抽到10Pa，医药用冻干机应小于等于0.5h，食品用冻干机应小于等于0.75h。
3.降温速率：搁板温度20℃±2℃降至－40℃的时间应不大于2h。
4.板层温度均匀性及平整度：板层温度的均匀性和平整度，对产品质量的均一性有很大的影响，温度均匀性和平整度越好，则冻干产品质量的均一性也越好。冷冻干燥机搁板温度控制有加热器型和中间流体型，采用中间流体控制板层的冻干机搁板温度均匀性和平整度好，这种冻干机板层为空心夹层结构，板层的制冷和加热均通过中间流体在板层内部的流体通道循环来实现，因此板层温度均匀一致。钟罩型冻干机的搁板温度控制基本上都是采用加热器，板层温度一致性稍差。但总体而言，医药用冻干机板层温差应控制在±1.5℃，板内温差为±l℃，食品冻干机可适当放宽。
5.捕水能力：应不小于10kg/m2。
6.噪声：声压级噪声小型冻干机应不大于83dB(A)，中型小于等于85dB(A)，大型小于等于90dB(A)。
7.控制系统：应能显示主要部件的工作状态；显示搁板与制品的温度和真空度及捕水器温度；应能进行参数设定、修改和实时显示，应具有断水、断电、超温、超压的报警功能。
8.安全性能：整机绝缘电阻应不小于1MΩ。
