技术快报：LightBench（全自动核酸电泳分析回收系统）助力ccfDNA检测研究

       循环游离DNA（circulating cell-free DNA，ccfDNA）是人及动植物体液中、在细胞外，处于游离状态的DNA 分子。作为一种非入侵性的疾病诊断标志物，ccfDNA的检测有望替代目前的侵入性方法，在早期实现疾病的诊断和监控。因此ccfDNA在在液体活检领域掀起一阵新风暴。

       来源于肿瘤细胞的ccfDNA又称为循环肿瘤DNA（Circulating cell-free DNA，ctDNA）。ctDNA含量与肿瘤进展阶段密切相关，准确检测ctDNA含量对肿瘤诊断和治疗有十分重要的意义。然而相较于全部ccfDNA，血液里ctDNA的含量很少，表现为非常低的等位基因频率。因此，通过PCR和三代测序的方法检测超低浓度的ctDNA时，产生误差的概率大大增加。的科研工作者就如何降低这类误差做出了许多探索。近日，美国科学家借助LightBench全自动核酸凝胶电泳成像分析回收系统，并将应用发表了文献《Automated size selection for short cell-free DNA fragments enriches for circulating tumor DNA and improves error correction during next generation sequencing》。研究指出，通过提取较短片段的ccfDNA可以提高ctDNA的基因频率，从而实现ctDNA的富集并且减少PCR和测序结果的误差。

        LightBench能对每个泳道电压独立控制，可使得从25bp至基因组大小的目标片段同时到达回收孔，从而实现全自动富集回收。基于LightBench的这一功能，研究人员对黑色素瘤患者的ccfDNA富集回收分析，分离得到了较小片段的ccfDNA，并通过后续PCR及测序证实了此方法可以准确且可重复地分离目标片段大小ccfDNA。

       接下来，研究人员对分离得到的较短片段的ccfDNA进行研究，对其中的目标ctDNA进行PCR扩增和测序，检测ctDNA含量。结果显示，较短片段的ccfDNA亚群中，ctDNA含量相对较高，实现了富集。