用频谱分析仪对电信号进行测量时，为了减少测量误差，我们往往要根据所要测量的信号特点来设定仪器的分辨率带宽、视频带宽和扫描速度（或时间），这几项仪器参数设定是频谱仪使用中的三大基本设定。
通常在测量时我们都希望仪器能以快的速度显示相关测量的结果，那么我们是否可将扫描速度设得任意快呢？回答是否定的，我们知道任何电子电路都有不同的工作带宽，不同的带宽电路对信号的响应时间是不同的，通常带宽较宽的电路的响应时间比带宽较窄的电路的响应时间快。如果扫描速度过快，则电路来不及响应而产生显示误差。在使用频谱分析仪进行信号测量时，我们常常设置不同的分辨带宽，因此仪器的扫描速度也应该进行相应的设置，这样才能减少仪器的显示误差。
首先，电源对于频谱分析仪来说是非常重要的，在给频谱分析仪加电之前，一定要确保电源接法正确，保证地线可靠接地。频谱仪配置的是三芯电源线，开机之前，必须将电源线插头插入标准的三相插座中，不要使用没有保护地的电源线，以防止可能造成的人身伤害。
其次，对信号进行精确测量前，开机后应预热三十分钟，当测试环境温度改变3—5度时，频谱仪应重新进行校准。
第三，任何频谱分析仪在输入端口都有一个允许输入的大安全功率，称为大输入电平。若输入信号值超出了频谱仪所允许的大输入电平值，则会造成仪器损坏；对于不允许直流输入的频谱仪，若输入信号中含有直流成份，则也会对频谱仪造成损伤。
一般频谱分析仪的大输入电平值通常在前面板靠近输入连接口的地方标出。如果频谱仪不允许信号中含有直流电压，当测量带有直流分量的信号时，应外接一个恰当数值的电容器用于隔直流。
当对所测信号的性质不太了解时，可采用以下的办法来保证频谱分析仪的安全使用：如果有RF功率计，可以用它来先测一下信号电平，如果没有功率计，则在信号电缆与频谱仪的输入端之间应接上一个一定量值的外部衰减器，频谱仪应选择大的射频衰减和可能的大基准电平，并且使用宽的频率扫宽(SPAN)，保证可能偏出屏幕的信号可以清晰看见。我们也可以使用示波器、电压表等仪器来检查DC及AC信号电平。
