奥林巴斯显微镜主要用于生物领域，用来观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养、流质沉淀等也可以观察其他透明或者半透明物体以及粉末、细小颗粒等物体的精密光学仪器。
奥林巴斯显微镜的主要操作有：调焦，视度调节，瞳距调节和灯泡更换几个步骤。
调焦：将工作台板放入底座上的台板安装孔内。奥林巴斯显微镜观察透明标本时，选用毛玻璃台板;观察不透明标本时，选用黑白台板。然后松开调焦滑座上的紧固螺钉，调节奥林巴斯显微镜的高度，使其与所选用的物镜放大倍数大体一致的工作距离。调好后，须锁紧紧固螺钉。调焦时，建议选用平面物体，如印有字符的平整纸张、直尺、三角板等。
视度调节：先将奥林巴斯显微镜左右目镜筒上的视度圈均调至0刻线位置。通常情况下，先从右目镜筒中观察。将变倍手轮转至较低倍位置，转动调焦手轮和视度调节圈对标本进行调节，直至标本的图像清晰后，再把变倍手轮转至较高倍位置继续进行调节直到标本的图像清晰为止，此时，用左目镜筒观察，如不清晰则沿轴向调节左目镜筒上的视度圈，直到标本的图像清晰为止。
瞳距调节：扳动奥林巴斯显微镜目镜筒，可以改变两目镜筒的出瞳距离。当使用者观察视场中的两个圆形视场重合时，说明瞳距已调节好。应该注意的是由于个体的视力及眼睛的调节差异，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同时间使用同一台显微镜时，应分别进行齐焦调整，以便获得较佳的观察效果。
灯泡更换：无论是更换上光源灯泡，还是更换下光源灯泡，在更换前，请务必将电源开关关上，电源线插头一定要从电源插座上拔下。当更换奥林巴斯显微镜光源灯泡时，先拧出上光源灯箱的滚花螺钉，取下灯箱，然后从灯座上卸下坏灯泡，换上好灯泡，再把灯箱和滚花螺钉装上即可。当更换下奥林巴斯显微镜光源灯泡时，需将毛玻璃台板或黑白台板，从底座上取出，然后从灯座上取下坏灯泡，换上好灯泡;再把毛玻璃台板或黑白台板装好即可。奥林巴斯显微镜更换灯泡时，请用干净的软布或棉纱将灯泡玻壳擦拭干净，以保证照明效果。
