荧光显微镜用于研究化学物质在细胞中的吸收、运输、分布和定位。被测物体产生荧光的方式有两种：自发荧光。紫外线照射后的直接荧光称为二次荧光。被观察物体只有经过荧光染料处理和紫外线照射后才能发出荧光。细胞中的一些物质，如叶绿素，在暴露于紫外线后会产生自发荧光。虽然其他物质没有荧光，但在用荧光染料或荧光抗体染色后，它们可以发出二次荧光。
荧光显微镜采用发光效率高的点光源，发射一定波长的光（紫外光365nm或紫蓝光420nm）作为激发光，激发样品中的荧光物质发出各种颜色的荧光，然后通过物镜和目镜放大观察。在这种强对比背景下，即使荧光很弱，也很容易识别，并且具有很高的灵敏度。主要用于研究细胞结构、功能和化学成分。
如何选择荧光显微镜而不被愚弄？
荧光显微镜可分为两种类型：透射显微镜和下落显微镜。前者是原始的，后者是的。两种荧光显微镜的基本结构相似，主要区别在于：透射激发光通过样品，整个样品产生荧光，然后进入物镜。放大倍数越高，荧光越弱；入射的激发光投射到样品表面，样品表面产生荧光，然后荧光进入物镜。放大倍数越高，荧光强度越强，适合高功率观测。
荧光显微镜的主要部件包括汞灯光源、激发滤板、二向色镜（落下式）、压滤板、暗场浓缩器（透射式）等。此外，由于汞灯受热严重，大多数都配备了吸热过滤器。一些荧光显微镜也有相位差物镜和环形光圈，因此可以进行相位差观测。荧光显微镜采用倒置框架，以及倒置显微镜等。
此外，通过安装CCD将显微镜看到的物理图像转换为数字模拟图像并在计算机上成像，可以将上述所有显微镜组装成数字显微镜。因此，我们可以从传统的普通双筒望远镜观察到的显示器上的再现来研究微场，从而提高工作效率。
