全自动菌落计数器是由图像输入、图像处理软件与数据储存三个部分组成。软件系统通过图像输入设备对培养好的菌落进行数字化图像采集。
经USB口数据通信传输到计算机终端计数凭条，对输入的数字图像进行一系列图像算法处理，输出计数结果，根据情况进行人工校正，计数完成后可对相关文件进行保存，将输出的数据存储在计算机中。
目前，大多数实验室仍然采用传统的人工肉眼结合菌落计数器的计数方法：借助放大镜的观察，用计数笔点击每一个菌落，计数器计数每一个点击产生的压力电子脉冲得出总数。这样虽然成本低廉，但是也有很多的缺点：
1、识别和计数错漏
所有的计数都依靠压力对压力脉冲产生次数的记录，不同人员的操作产生的压力不同就难免产生漏记，而且计数的结果也因操作人员对菌落的识别经验不同而产生差异，系统偏差较大。很多实验室在采用一段时间的全自动菌落计数器辅助计数以后，又“回归”纯粹人工肉眼计数。
2、标记和修正不便
肉眼计数和菌落计数器计数都依靠计数笔在被统计的菌落上留下墨水笔迹来进行标记，因此在存在密集菌落的情况下就标记不便，而且发现误统计时需擦去墨水痕迹导致修正不便。
3、效率低下
肉眼计数和全自动菌落计数器计数都需要人工用肉眼识别每一个菌落，因此一旦样品较多就会耗费大量的时间，影响研究或是结果报告的效率。
4、原始结果无法保存
在做完统计后，留下了一个统计数字，而对记录和验证实验结果很重要的培养平板表面菌落生长状况却因为平板的洗掉而无法保存。
