离子清洗机主要通过反应类型和激发频率两个方面来分类。
反应类型分类
等离子体与固体表面发生反应可以分为物理反应（离子轰击）和化学反应。
物理反应机制是活性粒子轰击待清洗表面，使污染物脱离表面最终被真空泵吸走。物理反应为主的等离子体清洗，也叫做溅射腐蚀（SPE）或离子铣（IM），其优点：本身不发生化学反应，清洁表面不会留下任何的氧化物，可以保持被清洗物的化学纯净性。缺点：对表面产生了很大的损害，会产生很大的热效应，对被清洗表面的各种不同物质选择性差，腐蚀速度较低。典型的等离子体物理清洗工艺是氩气等离子体清洗。
化学反应机制是各种活性的粒子和污染物反应生成易挥发性的物质，再由真空泵吸走挥发性的物质。
化学反应为主的等离子体清洗的优点：清洗速度较高、选择性好、对清除有机污染物比较有效，缺点：表面产生氧化物。典型的等离子体化学清洗工艺是氧气等离子体清洗。通过等离子体产生的氧自由基非常活泼，容易与碳氢化合物发生反应，产生二氧化碳、一氧化碳和水等易挥发物，去除表面的污染物。
激发频率分类
等离子态的密度和激发频率的关系式：nc=1.2425×108v2，其中nc为等离子态密度（cm-3），v为激发频（Hz）。等离子体激发频率分为：频率为40kHz的等离子体为超声等离子体，13.56MHz的等离子体为射频等离子体，2.45GHz的等离子体为微波等离子体。
超声等离子体的自偏压为1000V左右，射频等离子体的自偏压为250V左右，微波等离子体的自偏压很低，只有几十伏。超声等离子体发生的反应为物理反应，射频等离子体发生的反应既有物理反应又有化学反应，微波等离子体发生的反应为化学反应。
