当数控深孔机床在工作的过程中，有很多情况是始料未及的，因此事先是很难对其结构刚度进行准确计算的。在此情况下，也就是只能计算部分构件的刚度，而对于像床身、立柱、工作台和箱体等重要零件的弯曲和扭转变形，接合面的接触变形等，只能将其简化后进行近似计算，但计算结果往往与实际相差甚大。

为了减少误差，也尝试了采用有限元法进行分析计算，并结合模型、实物或类似的样机进行试验、分析和对比，才能确定合理的结构方案。首先一定要正确选择构件截面的形状和尺寸；同时正确布置隔板和筋条，以便于提高构件的静、动刚度。
对于数控深孔机床来说，导轨和支承件的联接部件往往是局部刚度最弱的部分，但联接方式对局部刚度的影响也很大。也就是说，只要选用适当的联接方式，就能有助于构件局部刚度的提高。