冷冻真空浓缩仪在真空状态下离心样品，并通过超低温的冷阱捕捉溶剂，从而将溶剂快速蒸发达到浓缩或干燥样品的目的。浓缩干燥样品的原理即是通过制造真空环境来降低溶剂沸点、使得溶剂变得容易蒸发，所以，真空泵的选择是*的，选择合适的真空泵对实验效率、样品活性、经费都是一个很大的影响。利用真空泵在浓缩仪内形成真空，仪器内气压降低，从而使样品的溶剂沸点降低，溶剂能够在低温下沸腾蒸发；另外能够在仪器腔体内增加一定的热量，从而提高蒸发速率，但是不会对样品的温度产生影响，样品自身温度不会升高；样品在适宜的离心转速下会产生少量的离心力，这个离心力防止了由于样品爆沸而产生的损失，同时也避免了由于加热和离心引起的离心管内产生大量泡沫的现象。离心浓缩后的样品可方便地用于各种定性和定量分析。
冷冻真空浓缩仪综合利用了离心、抽真空和加热等手段，有效地蒸发溶剂，高效率回收生物或分析样品。广泛地应用到生命科学和化学、制药等领域。它具有批次处理样品量大、几乎不受容器限制、低温保证样品活性、蒸发速度快、不污染环境等众多优点，逐渐被广大科研、生产、检测单位所熟悉。然而，不同的样品浓缩条件是不一样的，需要的配置也不一样，如何挑选合适的主机、真空泵和/或冷阱，是需要认真考虑的。
综合利用离心力、加热和外接真空泵提供的真空作用来通过负压和低温除去溶液中的溶剂，采用高速离心旋转技术，保证样品处于样品管中不会喷出。将样品进行浓缩，可同时处理多个样品而不会导致交叉污染。冷阱能有效捕捉大部分对真空泵有损害的溶剂蒸气，对高真空油泵提供有效的保护。真空泵使系统处于真空状态，降低溶剂的沸点，加快溶剂的蒸发速率。
冷冻真空浓缩仪应用于DNA/RNA、核苷、蛋白、药物、代谢物、酶或类似样品的浓缩合成物的溶剂去除，具有浓缩效率高，样品活性留存高的特点。
