采用经典的阳离子交换色谱分离、茚三酮柱后衍生法，对蛋白质水解液及各种游离氨基酸的组分含量进行分析。仪器基本结构同普通HPLC相似，但针对氨基酸分析进行了细节优化（例如氮气保护、惰性管路、在线脱气、洗脱梯度及柱温梯度控制等等）
  通常细分为两种系统：蛋白水解分析系统（钠盐系统）和游离氨基酸分析系统（锂盐系统），利用不同浓度和pH值的柠檬酸钠或柠檬酸锂进行梯度洗脱。其中钠盐系统一次最多分析约25种氨基酸，速度较快，基线平直度好；锂盐系统一次最多分析约50种氨基酸，速度较慢，基线一般不如钠盐系统好。
  分析效果：从目前已知的氨基酸分析方法比较来看，除灵敏度（即检测限）比HPLC柱前衍生方法稍低以外（HPLC：<0.5pmol；氨基酸分析仪：<10pmol)，其他如分离度、重现性、操作简便性、运行成本等方面，都优于其他分析。

技术参数
标准配置： 8个300l UV 塑料比色杯，池架和电源线 
波长范围 ：198至1000nm 
分辨率/精度： 1nm /±2nm 
带 宽 ：5nm typical@270nm 
范 围 ：0 to 199%T
-3.00 到1.999A
-300 to 9999Conc 
分辨率 ：0.1%T, 0.001A,0.001,0.01,0.1,1Conc 
浓度单位 ：ppm, mg/l, g/l, M, %, blank, mg/ml, g/ml, ng/ml 
光源 氙灯 
杂 散 光 ：<0.001A@ 0A @ 400nm 
测光稳定性 ：30分钟后<0.002A/小时 
因子范围 ：0到999.9 / 1000到9999 
读 出： 图形模式LCD显示 
输 出 ：模拟输出(0 to 1.999V d.c.)