20种蛋白质氨基酸在结构上的差别取决于侧链基团R的不同。通常根据R基团的化学结构或性质将20种氨基酸进行分类
根据侧链基团的极性
　　1、非极性氨基酸（疏水氨基酸）8种 　　
（Ala）（Val）（Leu）异（Ile）（Pro）苯（Phe） 　　（Trp）蛋氨酸（Met） 　　
2、极性氨基酸（亲水氨基酸）： 　　
1）极性不带电荷：7种 　　（Gly）（Ser）（Thr）半（Cys） 　　（Tyr）天冬酰胺（Asn）（Gln） 　　
2）极性带正电荷的氨基酸（碱性氨基酸） 3种 赖氨酸（Lys）（Arg）（His）
3）极性带负电荷的氨基酸（酸性氨基酸） 2种 天冬氨酸（Asp）（Glu）
根据氨基酸分子的化学结构
　　1、 脂肪族氨基酸： 　　
丙、缬、亮、异亮、蛋、天冬、谷、赖、精、甘、丝、苏、半胱、天冬酰胺、
2、 芳香族氨基酸：苯、 　　
3、 杂环族氨基酸：、 　　
4、 杂环亚氨基酸：