这两种仪器的运用原理都一样，都是使用近红外光来进行分析，但是两者是有比较大差别的。傅里叶红外光谱仪一般来说构造比较复杂，价格也稍微昂贵一些。傅里叶近红外光谱仪的单色器结构主要是迈克尔逊干涉仪，这类型的单色器结构比较复杂，精度也比较高，同时在进行光谱数据处理的时候也充分运用傅里叶变换和反傅里叶变换。因此，这类型的仪器相对于分光光度计类的近红外精度高，价格也昂贵，如德国布鲁克MPA近红外光谱仪就是傅里叶型的近红外光谱仪。
红外分光光度计的单色器一般都是用光栅进行扫描分光，这部分的结构就比迈克尔逊干涉仪简单一些了，因此单色器结构也简单一些，价格方面也比傅里叶型的近红外分析仪便宜一些。在光谱数据处理方面主要运用求导、平滑、中心化、小波变换、小二乘法、偏小二乘法等方法进行处理。国内的近红外分光光度计代表作应该算是上海棱光技术有限公司和中国农业大学联合研发的S400近红外农产品品质分析仪，还有S410近红外分光光度计。便携式的近红外分析仪有的运用滤光片模式，也有的也用光栅扫描分光模式。
