气相色谱分析的高灵敏度迫使用的流动相乃至任何试剂都必须有尽可能高的纯度。载气纯度不高时所引入的有机杂质极易干扰样品中微量组分的检出，使噪声明显增大，基线漂移（或波动），甚至产生鬼峰；载气中所含的微量水分则是固定相流失或降解的常见原因；氧气作为常见污染物更是固定相降解和进样口衬管性能下降的常见原因。因而，不管是钢瓶气还是气源气，都需要在进入色谱仪前进行净化。常用的净化材料是活性炭（除去烃类及非极性杂质）、硅胶（除水等）和分子筛（脱水并除去极性杂质）。净化材料需要定期检查，一旦失效须及时更换或活化。其中分子筛可取出后在400~600℃活化4~6h。变色硅胶则可在140℃烘2h。活性炭也可以作类似处理。净化氮和氩中微量氧时，可让气体通过300~400℃装有活性铜胶催化剂的柱子，便能将氧含量降至10ug/mL以下。

  由于钢瓶气和气源气的来源不同，气体本身的纯度不同，所采用的净化措施也有所不同。本身是高纯气瓶供气的只需按常规在气路中接入活性炭、硅胶或分子筛净化管即可。