分液漏斗振荡器用于纯化和分离化合物，并用于进一步使用，此类别中见的技术是准备性的HPLC，制备型TLC和柱色谱。一个流行的修改柱色谱法是闪蒸，其在中等压力下操作并提供非常快速的分离，柱色谱适用于几毫克的样品，为此，柱色谱通常在分析过程中加热，该保温时间可以通过烤箱温度控制，温度越高，样品洗脱得越快。
分液漏斗振荡器中的流动相是一种溶剂系统，可用于代替温度杠杆保留，但更常见的是二元溶剂不同极性的溶剂混合物。后者的优点是体积大，通过改变两种溶剂的比例可以调节极性。例如，考虑以1：1开发的乙酸乙酯和己烷的混合物，其显示出两种分离良好的组分。可以通过它们的Rf值来表征，Rf值被定义为距离从原点行进除以流动相行进的距离。如果想要更大的Rf值，可以通过增加来提高溶剂的极性乙酸乙酯在流动相中的比例。
在正相和反相系统时，可以用非极性取代基衍生二氧化硅，如长链脂肪族残留物。这产生了称为反相系统的情况。在正常阶段色谱法，固定相比流动相更具极性，在反相中，固定相的极性小于流动相。衍生化二氧化硅本身不仅极性小，而且还允许使用极性极性溶剂，如水和甲醇。反相导致一些违反直觉结果。例如，更多的极性组分实际上洗脱得更快，而且更多极性溶剂系统导致保留时间增加。
在制备技术中，柱色谱是的。典型的列范围直径0.5-5.0厘米，硅胶柱高约15厘米。一个样本是加载到色谱柱顶部，然后通过强制溶剂快速洗脱在中等压力下。收集一系列馏分，其体积为由柱的大小决定，对于2厘米的柱，通常收集10毫升分数。收集后，将级分点在长TLC板上，并在水中显色用于洗脱闪蒸塔的相同溶剂系统。
分液漏斗振荡器的特殊应用除了上面讨论的标准技术，还有两种特殊方法特别的分子纯化和分析。电泳氨基酸分离和表征的一种重要方法是电泳。在这种分析技术中，氨基的混合物将酸点在导电凝胶的中心，在其上面施加电势。然后氨基酸向阳极或向阳极迁移阴极，取决于每个分子上的净电荷移动到阴极，带负电的物质移动到阳极。流动性每种离子的含量取决于其净电荷和质量。由于氨基酸是多官能可电离分子，它们的净电荷是apH值的作用。
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